Foldingathome Virus


Pour ceux d’entre vous coincés à la maison pendant l’épidémie de COVID-19, la situation peut sembler un peu désastreuse car vous êtes relégués à vous asseoir et à attendre qu’un traitement se développe. En ce moment, vous lisez probablement cet article à partir d’un ordinateur, qui n’utilise pas pleinement toutes ses ressources. Peut-être que la meilleure façon de contribuer à l’effort de lutte contre le COVID-19 serait d’utiliser votre ordinateur pour déterminer le fonctionnement des protéines du virus afin qu’un traitement efficace puisse être développé. Si cela vous intéresse, un projet ancien mais brillant appelé [email protected] a besoin de votre aide.

Pliant? Quoi?

[email protected] tire son nom du processus de repliement des protéines dans les cellules organiques. Cependant, lorsqu’ils sont mal pliés, cela peut créer des problèmes qui pourraient être nocifs pour la vie humaine. Dans la plupart des cas, comprendre les agents biologiques qui causent les maladies que nous craignons tous implique d’étudier leurs processus de repliement des protéines pour développer des traitements qui ciblent les cellules que nous voulons tuer sans causer de dommages au reste de l’organisme que nous essayons de guérir.

Depuis 19 ans, [email protected] aide la recherche médicale en utilisant les ordinateurs de personnes ordinaires et d’organisations partenaires pour aider à simuler les processus protéiques. Cela se fait en divisant l’ensemble de la charge de travail de simulation en petits paquets et en envoyant chaque paquet à un ordinateur en réseau pour traitement. Ce faisant, des milliers, voire des centaines de milliers d’ordinateurs peuvent travailler en harmonie pour aider à résoudre un problème spécifique.

D’où vient le COVID-19 ?

[email protected] est actuellement impliqué dans un projet spécial qui aide à la recherche sur le COVID-19, comme vous pouvez le voir sur votre site. À l’heure actuelle, les développeurs à l’origine du projet font appel à des personnes disposant d’une puissance de calcul disponible pour les aider dans leurs efforts de recherche afin de simuler le fonctionnement des protéines virales.

Étant donné que de nombreux bénévoles se sont déjà portés volontaires pour faire don de leur puissance de calcul, vous pouvez rencontrer des temps d’arrêt avant qu’un lecteur de travail ne soit attribué à votre ordinateur.

Comment fonctionne [email protected] ?

Si vous souhaitez participer aux efforts de recherche de [email protected], il vous suffit de télécharger votre application et installez-le. Après l’installation, cliquez sur l’icône [email protected] dans votre barre des tâches, puis cliquez sur “Contrôle Web”. Cela ouvrira une fenêtre de navigateur qui offre un contrôle simple sur votre application. Vous pouvez définir un nom pour vous identifier et suivre vos progrès.

Par défaut, votre client utilisera probablement votre CPU. Si vous possédez un GPU puissant et que vous souhaitez faire don de ses ressources, vous devrez accéder aux paramètres de contrôle avancés. Pour ce faire, cliquez sur “Contrôle avancé” dans le même menu mentionné ci-dessus et cliquez sur “Configuration”.

Dans l’onglet “slots”, modifiez le slot occupé par votre CPU et remplacez-le par GPU. Sur la plupart des ordinateurs, la valeur “gpu-index” peut être laissée à “-1”. Si vous rencontrez des difficultés pour que le client reconnaisse votre GPU, essayez d’utiliser “0” comme valeur pour “gpu-index”. Cela place automatiquement votre premier GPU comme unité de traitement de travail. Vous pouvez toujours configurer un autre GPU si vous avez plusieurs GPU dans votre système.

Des applications comme celles-ci consomment une quantité importante des ressources de votre ordinateur, vous ne devez donc traiter les unités de travail que lorsque vous n’utilisez pas votre ordinateur pour d’autres travaux intensifs (comme l’édition graphique ou les jeux). Vous pouvez toujours suspendre le projet de pliage et le poursuivre plus tard et même faire en sorte que votre ordinateur arrête de plier dès qu’il est terminé avec les lecteurs actuellement mappés.

Cela aide-t-il vraiment l’effort?

Utiliser un tas d’ordinateurs pour traiter des unités de travail qui peuvent ou non révéler des informations utiles sur le fonctionnement des protéines virales peut sembler peu spectaculaire, mais cela a historiquement aidé les praticiens à déterminer les voies de traitement de la maladie.

Le 10 février 2020, certains des chercheurs utilisant le projet [email protected] publié un article révélant que la protéine VP35 essentielle du virus Ebola possède une petite voie cachée qui pourrait être ciblée. Cela a fourni un petit mais important saut dans la compréhension de la maladie qui conduit à une meilleure capacité à la combattre.

Toutes ces simulations aident à découvrir des poches cachées microscopiques dans la maladie qui peuvent être essentielles pour éliminer une maladie. Cela ne change pas pour le COVID-19. Aussi petite que soit sa puissance de calcul, elle fait partie d’un projet plus vaste qui aidera à terme les professionnels de la santé à comprendre comment cette maladie peut être combattue.

Maintenant que nous avons la technologie pour nous aider à comprendre le monde dans lequel nous vivons, de la dimension microscopique des virus aux vastes étendues de l’univers, nos petites contributions aux efforts de recherche aideront à éclairer la voie vers des solutions avec lesquelles nous luttions auparavant. .

Si vous avez des questions concernant la mise en place et le fonctionnement de [email protected], n’hésitez pas à laisser un commentaire, et de l’aide sera trouvée en cours de route !

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